煤炭资源采矿权有偿用于制度就是采矿权人通过合法方式重复使用付清比较资源出租而后大幅交纳意味著资源出租而取得采矿权的制度。比较资源出租制度是煤炭资源所有者转让采矿权而重复使用缴纳比较资源出租(又称红利，采矿权价款)的制度。意味著资源出租制度是煤炭资源所有者依据所有权缴纳资源耗尽性补偿(又称权利金，耗尽性收益)的制度。
比较资源出租在前，意味著资源出租在后，两者无法互相替换。无论比较资源出租和意味著资源出租，其对煤炭资源所有人和采矿权人的利益博弈论都是最重要的。
总体上看，我国煤炭资源采矿权有偿用于制度理论和实践中都还比较落后，某些制度的负面起到甚至小于正面起到。1.缺少总体设计，费用项目多而杂，功能反复交叉。煤炭资源采矿权有偿用于制度的整体框架不明晰，缺少科学的总体设计；意味著资源出租和比较资源出租的性质和功能互为交织，煤炭采矿权有偿用于费用还包括采矿权价款、资源税、资源补偿费和增值税中的一部分，多达四类，费用名目多而杂、杂而散；煤炭资源税所不含的级差收益调节与采矿权价款的级差收益调节功能显著地反复交叉，增值税中资源有偿用于功能与资源补偿费交叉反复。
与市场经济国家比起，目前我国煤炭产品税费之重世界之最，但煤炭资源有偿用于总费用却比这些国家较低。现行煤炭资源税、资源补偿费征税制度是20世纪90年代计划经济向社会主义市场经济过渡时期的产物，亦是国民经济显著粗放型快速增长时期的产物，已无法适应环境建设节约型和环境友好型社会的必须。虽然与煤炭产品涉及的税和有偿使用费都是国家财政收入，但两者成立的理论依据、法律依据和实际操作几乎有所不同，煤矿企业煤炭资源有偿用于费用入成本的会计科目也有所不同。
2.资源税制弊端。煤炭资源税制在过去曾多次充分发挥过大力起到，但是，随着采矿权价款制度的创建，其不科学性问题就更加引人注目。
(1)资源税功能与采矿权价款功能反复，两者都有级差收益调节，不科学。例如，炼焦煤采矿权价款早已充份包括了煤种级差收益调节的因素，而资源税也包括此因素，两者功能反复。
在其他条件完全相同的情况下，炼焦煤采矿权价款早已低于非炼焦煤种，而焦煤的煤炭资源税为8元/吨，比其他煤种的煤炭资源税额高达1倍以上。(2)以政治权力为依据、按销售量缴纳的资源税制，无法起着级差收益调节的起到。在不转变资源税征税模式的情况下，无论资源税额标准多低，都不能起着减少地方财政收入的起到，而无法接到诱导资源浪费的效果，甚至更进一步激化了煤矿企业采富弃贫、浪费资源的不道德。
(3)资源税额标准以行政单位确认不科学。一是各地方明确提出的标准差距相当大，由此产生不公平。由于煤炭资源税是地方税，目前还有几个省(区、市)没下调税额标准。
现行非焦煤的资源税额标准范围为0.5元~4.0元/吨，最低与低于差距3.5元/吨。二是同一煤田资源却有有所不同的煤炭资源税，不合理。例如，鄂尔多斯煤田横跨山西、陕西、内蒙古、宁夏和甘肃五省区，而此五省区的煤炭资源税额标准有所不同。
三是一些煤炭资源条件劣的省区的煤炭资源税额标准还低于资源条件好的省区。例如，湖北的煤炭资源条件劣，如果从资源级差收益调节功能看，其资源税额不应高于比其资源条件好的湖南，但其资源税额低于湖南。(4)改革期的资源税制度没与采矿权价款制度改革挂勾，导致不公平竞争。
目前，已交纳采矿权价款的与没交纳采矿权价款的都要交纳完全相同标准的资源税，都被提升资源税额标准，显著不合理。3.资源补偿费制度问题。在煤炭资源补偿费计算公式费额=矿产品销售收入补偿费亲率铁矿回收率系数中，资源补偿费按销售收入计征较为合理，但与回收率挂勾，就不科学不不切实际。
因为:(1)煤炭资源补偿费中的矿山回收率的概念不明，各地继续执行时标准有可能有所不同。就煤矿矿井而言，回收率概念有三个:矿井回收率、采区回收率和煤矿工作面回收率。此处的回收率是指哪个，没明确规定。
(2)对矿井回收率的确认缺少有效地的核实机制和监督机制，制度形同虚设。(3)理论上不不切实际。首先，资源回收率的确认比较复杂，核实和监督资源回收率的成本很高。
资源空间形态的差异是资源回收率有所不同的客观条件，资源煤炭资源的赋存形态有所不同，在一定的技术经济条件和一定煤矿方法限定版下采出的煤炭数量有所不同。严苛地谈，科学地核定煤矿资源回收率必须地质、测量和矿业专业技术人员参予，而税务部门无法配备这些专业人员。回收率的确认不能由采矿权人报告，核查不能流于形式。其次，目前我国有煤矿大约1.8万个，大体相等于世界其他产煤国煤矿数量之和，这些煤矿产于在26个省市区(原是27个省市区，2006年4月广东省已解散煤炭行业)。
煤矿数量之多，分布面之甚广，核查回收率工作量之大，政府部门不有可能有那么多的人力去做到。(4)资源补偿费提升资源回收率功能与采矿权价款的提升资源回收率功能反复交叉，不合理。
(5)实践中已证明资源补偿费与回收率挂勾制度不不切实际。全国实施这一制度十几年，但是煤炭资源回收率还是很低。(6)改革期的资源补偿费制度没与采矿权价款制度改革挂勾，已交纳采矿权价款的与没交纳采矿权价款的都实施完全相同的资源补偿费费率，显著不合理、不公平。
4.煤炭增值税误解了税与资源有偿使用费的概念。(1)税与资源有偿使用费的性质、功能有所不同。在性质上，税是国家凭借政治权力擅自地使用权地征税的国家财政收入，而煤炭采矿权有偿使用费是国家凭借煤炭资源所有权缴纳的资源资产收益，两者性质几乎有所不同。因此，国家凭借政治权力征税的增值税、资源税与反映国家所有权益的资源补偿费不存在交叉。
新的自然资源价值观指出煤炭资源不但有使用价值，而且有价值，有增值性，煤炭资源采矿权需要转让和出让。然而，与生产加工业等产业产品的价值、增值性截然不同的是，煤炭产品的价值、增值性只与煤炭资源大自然禀赋、耗尽性涉及，而与生产技术变革和设备改版牵涉到。但煤炭增值税制度才是忽略了煤矿企业的劳动对象是不能再造的自然资源这一特殊性。实质上，煤炭开采行业生产具备一定的第一产业性质。
对煤炭开采业成立增值税而且是生产型增值税实质上将煤炭开采业视同为制造业、加工业，成立所谓的先征后抵制度又构成其分配不公祥和管理成本减少的弊端。在功能上，税收是国家为确保国家管理运营而设置的财政收入，实际操作中可以免除等优惠，而煤炭资源采矿权有偿使用费是国家对煤炭资源的所有权收益，无法免除。虽然增值税和资源有偿使用费都是国家财政收入，但会计科目有所不同。
(2)增值税导致煤矿企业税负低与采矿权有偿使用费较低的对立。1994年税制改革前后，其他行业的税负变化并不大，但却大大减轻了煤炭开采业税负。因为煤炭开采的不能再造的自然资源，出售原材料的进项税抵扣比生产加工业等行业企业较少得多，实际税负比1994年税制改革前高达近7个百分点!但与世界主要产煤国比起，我国绝大多数采矿权人却没交纳采矿权价款而造成煤炭资源采矿权有偿用于总费用较低的不合理现象。5.采矿权价款制度的弊端。
(1)由于理论了解和法律法规上将采矿权与国家否出资勘查互为联系，我国煤炭资源采矿权价格普遍存在高估现象。例如，山西省现行的煤炭资源采矿权价款标准显著较低，最低价款标准才3.8元/吨。
(2)矿业权价款的确认不规范。主要展现出在:一是采矿权价值评估不规范。
二是采矿权价格确认不规范。三是采矿权价款标准确认不规范。(3)转让方式有弊端。主要展现出在:一是申请人转让、协议转让不会助长独占；二是备案制不符合国家经济体制改革的大方向；三是采矿权拍卖行为不规范，政府监管不做到。
有的拍卖会中介机构改置国家法律法规于坚决，在没通过国土资源部门审核前就发布公告，私自拍卖会。(4)煤炭资源采矿权制度改革与实践中迟缓造成煤炭资源大量浪费，生产秩序恐慌，影响到国家能源安全和国民经济的长时间运营。6.煤炭资源采矿权有偿用于管理体制上的弊端。
目前，我国煤炭资源有偿用于制度实施中央和省级政府两级管理，有的省区甚至拒绝县级政府部门也制订有偿用于方案，出了事实上的多级管理。这种管理体制带给一系列问题:(1)弱化了宏观控制，增强了地方维护，有利于全国煤炭资源的优化配备；(2)造成各地配备煤炭采矿权掌控的标准有所不同，有利于煤炭经济有计划经济向市场经济体制转型；(3)减少了贪腐风险；(4)减少行政成本、减少管理效率；(5)采矿权备案制既与煤炭资源有偿用于改革的大方向不协商，既造成了采矿权人之间的不公平竞争，又弱化了国家的煤炭资源所有权管理，减少了国家煤炭资源资产收益；(6)缺少反垄断反腐监督体制和机制。
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